12 Aralık 1928 tarihinde Kuzeybatı Kırgızistan’daki Talas eyaletinin Şeker köyünde doğdu. Babası Torekul Aytmatov, Sovyet Kırgızistan’ında seçkin devlet adamı idi, ancak 1937’de tutuklandı ve 1938’de kurşuna dizildi. Tatar kızı olan annesi Nagima Hamziyevna Abdulvaliyeva tiyatro aktrisiydi. Adı, Cengiz Han’dan esinlenerek konulmuştur.
Gençliği sıkıntılı bir döneme denk gelmişti. O dönemde zaten yeni yerleşmeye başlayan siyasî sistemle, bir de savaşla mücadele etmek zorundaydı. Çok genç yaşta çalışmaya başladı; çünkü II. Dünya Savaşı’nın SSCB üzerindeki etkileri gençleri de etkiliyordu, yetişkinler savaşta olduklarından, gençlere büyük iş düşüyordu. On dört yaşında köyündeki sekreterliğe girdi. Burada tarım makinelerinin sayımı, vergi tahsildarlığı gibi işlerde çalıştı.
Köyünden, Kazakistan’a giderek Cambul Veterinerlik Teknik Okulu’nda okudu. Daha sonra şimdiki Kırgızistan’ın başkenti olan Bişkek’e giderek burada Frunze Tarım Enstitüsü’nde öğrenimine devam etti. Ardından Maksim Gorki Edebiyat Enstitüsü’ne geçti ve 1956 ile 1958 yılları arasında Moskova’da okudu.
Yazmaya bu yıllarda Pravda gazetesinde başladı. Yazdığı eserleriyle üne kavuştu ve 1957 yılında Sovyet Yazarlar Birliği’ne üye kabul edildi. 1963’te Lenin Ödülü’nü aldı. Eserleri yüz elliyi aşkın dile tercüme edildi. 1990-1994 yıllarında Sovyetler Birliğini ve Rusya Federasyonunu, sonra ise 2008 yılına kadar Kırgızistan Cumhuriyetini büyükelçi olarak temsil etti.
Aytmatov, Gün Olur Asra Bedel romanının film çekimleri için gittiği Rusya’nın Tataristan Cumhuriyeti’nin başkenti Kazan’da 16 Mayıs 2008 rahatsızlandı ve böbrek yetmezliği teşhisiyle tedavi için Almanya’ya getirildi. Almanya’nın Nürnberg kentindeki Klinikum Nord’da tedavi gören Cengiz Aytmatov, komaya girdi.10 Haziran 2008 tarihinde Nürnberg’de hayatını yitirdi.

Cengiz Aytmatov; edebi çalışmalarına ek olarak, Avrupa Birliği, NATO, UNESCO ve Benelüks ülkelerinin Kırgız delegeliğini üstlenmiştir. Ayrıca eski Kırgızistan Dışişleri Bakanı Askar Aytmatov’un babasıdır.

Eserleri

II. Dünya Savaşı sonrası yazarları arasında yer alan Aytmatov, Cemile’den önce birkaç kısa hikâye ve Yüzyüze`yi yazdı. Ancak yazarın kendini kanıtlamasını sağlayan kitap Cemile oldu; Louis Aragon Cemile`yi “dünyanın en güzel aşk hikâyesi” olarak tanımlamıştır.
Eserlerinde mitolojiye oldukça yakın durdu; ancak onunki antik anlamından farklı olarak mitolojiyi çağdaş bir zeminde sentezlemek ve yeniden yaratmaktı. Eserlerinde mitlere, efsanelere ve halk hikâyelerine göndermeler yapmıştır