Büyük Türkistan’ın güney bölümünü teşkil eden Afgan Türkistanı ya da diğer adıyla Güney Türkistan, eski çağlardan bu yana Türkçe konuşan topluluklara ev sahipliği yapmaktadır. İlk olarak Akhunlar M.S. 5. yy’da bugünkü Afganistan ve Pakistan’ın büyük bir bölümünü kapsayan geniş bir coğrafyada hakimiyet kurdularsa da bölgenin kitlesel olarak Türk yerleşimine açılması M.S 6-7 yüzyıllara rastlamaktadır. Daha sonra Karahanlılar, Gazneliler, Selçuklular ve Cengiz İmparatorluğu’nun hüküm sürdüğü Güney Türkistan altın çağlarını Timur İmparatorluğu döneminde yaşamıştır. Emir Timur’un torunlarından Hüseyin Baykara’nın başkenti ve günümüzde Afganistan Türklerinin yoğun olarak yaşadığı Herat, çağının bilim ve kültür merkezi konumundaydı. Güney Türkistan’da yetişen bilim adamları ve sanatçılar tüm Türk-İslam Dünyası’nı derinden etkileyen Çağatayi medeniyetini inşa etmişlerdir. Bunların başında ünlü dilbilimci ve edebiyatçı Ali Şir Nevai gelmektedir. Güney Türkistan’ın hayvancılığa uygun dağlık coğrafi yapısı ve serin iklimi göçebe ve yarı-göçebe Türk boylarının burada kalıcı olmalarını sağlamıştır. Afganistan’daki Türk nüfusun günümüzde 6 milyonun üzerindedir. Afganistan’ın yaklaşık %16-18’ini teşkil eden Türk nüfusun çoğunluğunu oluşturan Özbekler (toplam nüfusun yaklaşık %12-13’ü) tamamı yerleşik şekilde Herat ve Mezar-ı Şerif şehirleri etrafında toplanmışlardır. Büyük çoğunluğu şehirleşmiş olan Özbekler’in başlıca geçim kaynakları ticaret ve zanaatkârlıktır. Timur İmparatorluğu içinde yönetici konumda bulunan Özbekler daha sonra da Hive ve Hokend Hanlıkları vasıtası ile Afganistan’daki hâkimiyetlerini sürdürmüşlerdir. Özbeklerin ardından en kalabalık Türk topluluğu olan Türkmenler (toplam nüfusun yaklaşık %4’ü) genellikle kırsalda yerleşik yahut yarı-göçebe şekilde çiftçilik ve hayvancılıkla uğraşarak geçimlerini sağlamaktadırlar. Türkmenler ilki Safevi diğeri Nadir Şah İmparatorluğu adıyla olmak üzere tarihte iki kez Afganistan’ın yönetimini ele geçirmişlerdir. Özbekler ve Türkmenler dışında Kazaklar ve Kırgızlar Afganistan’ın diğer Türk topluluklarından olup tamamı göçebe halde yaşamakta ve hayvancılıkla uğraşmaktadırlar. Kazaklar ve Kırgızlar’ın toplam nüfusu 100.000 kişi civarındadır.
Günümüzde Afganistan Türklüğü ülkenin Kuzey bölümünde çoğunluğu oluşturmaktadır. Gerek politik gerekse sosyal olarak ciddi bir güç konumundaki Afganistan Türkleri özellikle ABD işgalinin ardından toplumsal bir birlik meydana getirmiş ve yeknesak bir cephe hareketi şeklinde Afganistan iç siyasetinde belirleyici bir unsur haline gelmişlerdir. Afganistan Türklerinin başbuğu ve Afganistan Devleti Genelkurmay Başkanı General Abdülraşit Dostum bölgecilik ve boyculuk yapmaktan kaçınarak tüm Türkleri bir araya getirmekte önemli bir rol oynamıştır. Afganistan Türkleri günümüzde Türkiye Cumhuriyeti ile resmi ve gayri-resmi çok sıkı ilişkiler içindedirler.
Afganistan’da yaşayan Türk topluluklarının yanında bir diğer Altay soylu topluluk olan Hazaralar Cengiz İmparatorluğu hâkimiyeti sırasında bölgeye yerleşmişlerdir. Birçok kaynakta Moğol kökenli oldukları iddia edilen Hazaralar, Farsi gruplar içerisinde asimile olarak Farsçayı benimsemişlerdir. Afganistan’ın yaklaşık %9’unu teşkil etmektedirler.